La secuenciación Sanger (o de primera generación) puede ser utilizada para confirmar la presencia de mutantes en homocigosis o heterocigosis en genes individuales específicos. Esta determinación puede realizarse sobre muestras de saliva, sangre periférica, tejido parafinado o de otro de tipo. La secuenciación Sanger puede realizarse sobre región codificante o no codificante del gen de interés.

El diagnóstico de expansión de tripletes sobre regiones de promotores, UTR’s, intrones o exones de un gen puede realizarse por TRP-PCR (Triplet Repeat Primed PCR). La estimación del número tripletes posibilita el diagnóstico genético de un conjunto importante de enfermedades, principalmente neurodegenerativas, como Frágil X, Esclerosis Lateral Amiotrófica, Enfermedad de Huntington, Fallo Ovárico Prematuro, etc.

El MLPA (Multiplex ligation-dependent probe amplification / Amplificación de sondas dependiente de enlace múltiple) es una técnica molecular diseñada para la detectar amplificaciones y deleciones con una resolución a nivel de exones en genes específicos. Las aplicaciones de MLPA en genética humana son clásicas para el estudio de variaciones en el número de copias de regiones génicas, las cual resulta de utilidad en oncología y diagnóstico prenatal.

Una modificación de la técnica de MLPA es el MS-MLPA (Methylation-Specific MLPA). Esta puede ser utilizada para el análisis del perfil de metilación de una región del genoma. MS-MLPA es una herramienta muy útil para el análisis de metilaciones aberrantes en muestras tumorales.